Xhuliano Brace, PDG et co-fondateur de l’équipe Rhizome Research. (Photo du rhizome)
Xhuliano Brace s’est vite rendu compte que les investisseurs en capital-risque n’allaient pas faire de gros chèques à deux fondateurs de moins de 30 ans qui suivaient ce qu’il décrit comme une approche « à contre-courant » de l’utilisation de l’IA pour concevoir de nouveaux médicaments.
Il fait donc le pari lui-même.
Après quatre ans passés à travailler sur des projets d’intelligence artificielle chez Amazon, Brace a quitté le géant de la technologie pour autofinancer sa vision. Utilisant ses économies personnelles et les bénéfices du commerce en ligne, il a investi une somme à six chiffres dans Rhizome Research, une startup basée à Seattle qui développe de petites molécules de type médicament sur commande.
Après son lancement l’année dernière, la startup de cinq employés est récemment sortie de la furtivité. Outre le PDG Brace, diplômé en mathématiques, en informatique et en économie de l’Université d’Albany, la direction de Rhizome comprend :
Yiwen Wang, co-fondatrice et scientifique en chef, est titulaire d’un doctorat en chimie de l’Université Carnegie Mellon. Gregory Sinenka, technologue en chef, docteur en physique et qui a travaillé dans un centre de recherche européen et chez Johnson & Johnson. John Proudfoot, ancien chef du département de chimie médicinale de Boehringer Ingelheim aux États-Unis, fait office de conseiller scientifique. Une approche différente de la découverte de médicaments
Yiwen Wang, co-fondateur et scientifique en chef de Rhizome Research, à gauche, et Gregory Sinenka, technologue en chef. (Photos de rhizomes)
Au lieu de travailler à partir des outils de création de molécules existants, Rhizome a créé son propre modèle fondamental raffiné, appelé r1. La technologie est un « réseau neuronal graphique » et a été formée sur plus de 800 millions de petites molécules de type médicament.
L’approche est différente du modèle populaire RoseTTAFold créé par l’Institute for Protein Design de l’Université de Washington, qui repose essentiellement sur les acides aminés qui construisent les protéines.
Le modèle r1 se concentre sur les atomes et les liaisons qui composent une molécule et sur sa topographie. C’est là qu’intervient l’idée du graphique : les atomes sont analogues aux points d’un graphique, tandis que les liaisons sont similaires à leurs lignes de connexion.
L’équipe vise à fournir une découverte de médicaments basée sur des fragments, en créant de petites molécules optimisées pour se lier à des cibles spécifiées par le client. Ils veilleront à ce que chaque médicament candidat puisse être synthétisé efficacement en laboratoire et soit susceptible d’être protégé par un brevet.
Rhizome a lancé la semaine dernière ADAMS, un outil d’intelligence artificielle automatisé open source qui utilise des instructions en langage naturel pour simuler la liaison entre des molécules biologiques. Il prévoit également de partager MolSim, une simulation basée sur la physique qui utilise des calculs avancés d’énergie libre qui prédisent l’étroitesse de liaison d’une petite molécule à sa cible. MolSim ne sera pas open source.
Vision pour un centre à Seattle
Rhizome a récemment établi des partenariats avec des laboratoires humides capables de valider les performances réelles des médicaments potentiels qu’il conçoit, et explore les relations avec ses clients.
Brace opère à partir de Foundations, la communauté de startups basée à Seattle lancée par l’entrepreneur et investisseur Aviel Ginzburg. Les autres employés de Rhizome travaillent à distance, mais le plan est d’amener les gens à Washington.
“Je veux vraiment faire de Seattle une sorte de plaque tournante pour la découverte de médicaments à petites molécules”, a déclaré Brace.
Il a désigné l’Allen Institute, l’Institute for Protein Design et d’autres organisations de la région de Seattle comme étant des acteurs clés. La région abrite également un certain nombre de startups liées à la conception de médicaments, notamment Pauling.AI, Synthesize Bio et Xaira Therapeutics, dont le siège est à San Francisco et les laboratoires à Seattle.
Brace a déclaré qu’il était enthousiasmé par l’opportunité de travailler sur un projet qui pourrait avoir un impact significatif sur l’humanité et qu’il ne regrettait pas d’avoir contribué avec son propre argent à cet effort. Il est généralement optimiste quant à l’utilisation de l’IA pour concevoir des molécules, que ce soit pour les soins de santé ou pour des domaines tels que la science des matériaux et la fabrication de pointe.
“C’est l’espace problématique le plus intéressant dans lequel se trouver”, a déclaré Brace.
